2 ноября 1996 года в стапельном цехе № 55 ФГУП «ПО Северное машиностроительное предприятие» в городе Северодвинске была заложена атомная подводная лодка, ракетный подводный крейсер стратегического назначения 4-го поколения, головной корабль проекта 955 «Борей» – «К-535» «Юрий Долгорукий». Спущена на воду 12 февраля 2008 года, вошла в состав флота 10 января 2013 года Основное вооружение РПКСН проекта 955 – твердотопливная баллистическая ракета комплекса Д-30Р-30 (SS-NX-30) «Булава». 28 июня 2011 года выполнен первый испытательный пуск «Булавы» со штатного носителя – РПКСН «К-535» «Юрий Долгорукий». По официальным сообщениям, боевые блоки ракеты доставлены в заданный район на Камчатке.

20 мая 1999 года спущен на воду глубоководный аппарат АС-37 «Русь» проекта 16810, заложенный в 1992 году на ОАО «Адмиралтейские верфи», 9 февраля 2007 года аппарат сдан флоту.

21 декабря 2001 года на стапеле Северной верфи в Санкт-Петербурге заложен первый корвет проекта 20380 «Стерегущий» – многоцелевой боевой надводный корабль 2-го ранга ближней морской зоны. Спущен на воду 16 мая 2006 года, принят в состав ВМФ России 28 февраля 2008 года. Вооружение кораблей проекта 20380 включает в себя комплексы ударного (противокорабельный ракетный комплекс «Уран»), противовоздушного и противолодочного оружия, системы боевого управления, обнаружения, целеуказания, связи и защиты. В настоящее время несет службу в составе соединения надводных кораблей Ленинградской военно-морской базы Балтийского флота.

27 сентября 2005 года выполнено первое летное испытание твердотопливной баллистической ракеты Р-30 «Булава» комплекса Д-30. Подводная лодка «Дмитрий Донской», находясь в надводном положении, произвела успешный пуск ракеты из полигона в Белом море. Головная часть ракеты, преодолев за 14 минут более 5,5 тыс. км, достигла камчатского полигона Кура и поразила цель. Разработка ракеты велась с 1998 года. 9 декабря 2003 года успешно выполнено первое «бросковое» испытание с борта подводной лодки «Дмитрий Донской» в надводном положении макета «Булавы». 21 декабря 2005 года впервые успешно выполнен пуск «Булавы» из подводного положения, ракета успешно поразила цель на полигоне Кура. В 2018 году ракета Р-30 «Булава-30» принята на вооружение ВМФ. Штатный носитель РПКСН проекта 955 «Борей».

24 декабря 2005 года на «Адмиралтейских верфях» в Санкт-Петербурге начато строительство спасательного судна проекта 21300С «Игорь Белоусов», спущено на воду 30 октября 2012 года, введено в эксплуатацию 25 декабря 2015 года. 9 ноября 2015 года в рамках заводских ходовых испытаний впервые в истории ВМФ России были осуществлены водолазные спуски в морских условиях на глубину 100 м в режиме длительного пребывания под повышенным давлением.

1 февраля 2006 года на «Северной верфи» в Санкт-Петербурге заложен головной многоцелевой фрегат проекта 22350 «Адмирал флота Советского Союза Горшков», оснащенный управляемым ракетным вооружением дальней морской и океанской зоны. Спущен на воду 29 октября 2010 года, вступил в строй в 2018 году. Это первый крупный надводный корабль, заложенный с момента развала СССР. Основу ударного ракетного вооружения составляют универсальные пусковые установки, использующие ракеты «Калибр», «Оникс» и в перспективе «Циркон».

21 февраля 2006 года на ОАО «Судостроительный завод «Волга»» в городе Нижний Новгород состоялась закладка головного корабля проекта 21820 – быстроходного десантного катера «Атаман Платов». В 2009 году введен в состав Каспийской флотилии. Катера проекта 21820 предназначены для скоростной переброски морем и высадки на необорудованное побережье людских контингентов, колесной и гусеничной техники, не имеют аналогов в мире по скорости и десантной вместимости.

26 мая 2006 года спущен на воду головной корабль проекта 02668 (шифр «Агат») – морской тральщик «Вице-адмирал Захарьин», 18 ноября 2008 передан в состав флота. Строительство кораблей по данному проекту было начато на стапелях Средне-Невского судостроительного завода в 1990 году. Корабль предназначен для проводки за тралами кораблей и судов, разведывательного и контрольного траления, прокладки фарватеров в минных полях, участия в минных постановках в дальней зоне от своих баз., однако по состоянию на 2013 год был единственным в ВМФ РФ минно-тральным кораблем, оснащенным системой поиска мин пятого поколения.

18 декабря 2010 года был заложен на стапеле ССЗ «Янтарь» в городе Калининград головной корабль проекта 11356Р – фрегат «Адмирал Григорович». Спущен на воду 14 марта 2014 года, введен в эксплуатацию 10 марта 2016 года. Основу ударного ракетного вооружения фрегата составляют универсальные пусковые установки 3С14, использующие ракеты «Калибр», «Оникс» и в перспективе – «Циркон».

7 марта 2015 года выполнен первый испытательный полет опытного экземпляра ударного вертолета корабельного базирования Ка-52К «Катран» новейшего поколения. Ка-52К оснащен комплексом управляемого вооружения «Гермес-А». В конце 2016 года два Ка-52К в составе авиагруппы ТАКР «Адмирал Флота Советского Союза Кузнецов» принимали участие в боевых действиях в Сирийской Арабской Республике.

7 октября 2015 года впервые корабли Каспийской флотилии ВМФ РФ (сторожевой ракетный корабль проекта 11661 «Дагестан», малые ракетные корабли проекта 21631 «Град Свияжск», «Углич» и «Великий Устюг») из акватории Каспийского моря произвели 26 пусков крылатых ракет «Калибр НК» по 11 объектам террористических группировок на территории Сирии. Ракеты семейства «Калибр» начали разрабатываться еще в 1980-х годах, широкой публике впервые были представлены на МАКС-93. Ракеты «Калибр-НК» морского базирования впервые активно применялись с надводных и подводных кораблей ВМФ России для уничтожения опорных пунктов и скопления живой силы противника во время антитеррористической операции в Сирийской Арабской Республике в 1915–1917 годах.

24 декабря 2015 года на ОАО «Ленинградский судостроительный завод "Пелла"» заложены первые малые ракетные корабли проекта 22800 (шифр «Каракурт») «Мытищи» и «Советск» – российские многоцелевые малые ракетно-артиллерийские корабли (МРК) малого водоизмещения ближней морской зоны, по другой классификации – малые корветы ВМФ России. Относятся к кораблям 3-го ранга. Официальное назначение кораблей – ведение боевых действий в ближней морской зоне и участие в выполнении задач мирного времени. Основой ударного вооружения являются ракеты семейства «Калибр» (КРБД и ПКР). Первый корабль проекта «Мытищи» был спущен на воду 29 июля 2017 года.

26 марта 2020 года на «Судостроительном заводе имени Октябрьской революции» в Благовещенске заложили малое гидрографическое судно «Василий Бубнов» проекта 19910. Спуск на воду ожидается в 2022-м, сдача в состав флота – в 2023 году.